Este programa busca restaurar y proteger las áreas afectadas por las obras del proyecto a través de actividades como el monitoreo del paisaje, la adecuación del vaso del embalse, el manejo y restauración de la cobertura vegetal, construcción de viveros, inventarios de fauna y flora, rescate y reubicación de especies. En total, el proyecto compensará más de 17.500 hectáreas, incluyendo un área para la protección del embalse de casi 1.650 hectáreas, con actividades de manejo y conservación de ecosistemas, establecimiento de corredores biológicos, estímulos a la regeneración natural, revegetalización y establecimiento de plantaciones forestales, establecimiento de viveros, recuperación de semillas y trasplante de plantas.