Incluye actividades para almacenar y reutilizar el suelo orgánico o productivo, el manejo y disposición del material sobrante de las excavaciones, la conformación de zonas de depósitos y estabilización de taludes, para prevenir y mitigar la erosión que se pueda presentar con los cortes de las vías, túneles y demás obras civiles del proyecto.

Tiene el propósito de evitar el deterioro de las fuentes de agua, ríos o quebradas que se utilizan o son intervenidas por el proyecto. Ejecuta actividades como manejo de aguas lluvias a través de canales de drenaje, filtros y zanjas; el respeto de los retiros o distancias mínimas establecidas por la ley, incluye monitoreos a la calidad y cantidad de agua de los ríos, las quebradas y de las descargas después de usarlas. En este programa juegan un papel importante las medidas para evitar el aporte de sedimentos y materia orgánica a las quebradas y las fuentes de agua.

Contempla actividades para el manejo y control del material particulado o polvo derivado de la explotación de canteras, vías, trituradoras, plantas de concreto y demás instalaciones necesarias para el proyecto. Se busca igualmente controlar que los niveles de ruido no sobrepasen los autorizados por la norma, además de proteger la salud de los habitantes de la región y trabajadores del proyecto. Algunas medidas aplicadas por ambos programas son: la humectación de las vías, el control de límites de velocidad para los vehículos livianos y pesados, controles en las plantas de trituración y aislamientos acústicos para mitigar el ruido, el cubrimiento con carpas de las volquetas, la revisión de los vehículos, entre otras.

Este programa busca restaurar y proteger las áreas afectadas por las obras del proyecto a través de actividades como el monitoreo del paisaje, la adecuación del vaso del embalse, el manejo y restauración de la cobertura vegetal, construcción de viveros, inventarios de fauna y flora, rescate y reubicación de especies. En total, el proyecto compensará más de 17.500 hectáreas, incluyendo un área para la protección del embalse de casi 1.650 hectáreas, con actividades de manejo y conservación de ecosistemas, establecimiento de corredores biológicos, estímulos a la regeneración natural, revegetalización y establecimiento de plantaciones forestales, establecimiento de viveros, recuperación de semillas y trasplante de plantas.

Contempla el salvamento y la reubicación de la fauna, así como programas de educación ambiental que propicien un manejo oportuno y adecuado de las especies animales. Programa de rescate de peces, tanto en la desviación del río para iniciar la construcción de la presa, como durante el llenado del embalse. A los peces rescatados se les toma información sobre la especie, la talla y el peso antes de devolverlos al río, aguas abajo.

También, como medida de compensación, se desarrolla un programa de vigilancia epidemiológica o de seguimiento a las condiciones de salud en la región.

La arqueología tiene también gran interés para el proyecto, buscando identificar y conservar intactos los sitios usados por antiguos pobladores del área de influencia del proyecto. El programa de arqueología incluye actividades de prospección, monitoreo y rescate.